Nel 1842 Donizetti scrisse all’amico d’infanzia, Antonio Dolci, che «in teatro si fa questo e in chiesa quest’altro, che un pezzo d’assieme in teatro saria tratto così, in  chiesa no» dimostrando di avere ben chiara la differenza che intercorre tra la musica sacra e quella destinata al teatro. Certamente in questo particolare approccio di Donizetti alla musica sacra influì il lungo apprendistato svolto sotto il compositore Johann Simon Mayr, maestro di cappella nella basilica di Santa Maria Maggiore a Bergamo, che il 12 marzo 1805 fondò le «Lezioni Caritatevoli di Musica» anche per rifornire la cantoria con giovani voci bianche. Nella scuola, dove insieme alla musica si insegnavano latino, italiano, francese, storia e anche nozioni di belle arti, Donizetti venne ammesso, nel 1806, nonostante il giovane compositore, che all’epoca aveva appena 9 anni, non avesse particolari doti vocali. Durante i 9 anni  trascorsi nella scuola di Mayr, Donizetti fece notevoli progressi soprattutto nell’ambito della composizione ed ebbe modo di approfondire il genere sacro.
Nonostante Donizetti abbia conseguito il successo come operista sia presso i contemporanei sia presso i posteri, la sua produzione sacra, la cui composizione risale nella maggior parte agli anni giovanili e che consta di circa 100 composizioni, non è meno interessante. Essa accompagna tutta la vita del compositore bergamasco che nella maturità diede vita a lavori, come il Requiem per Bellini o il Miserere e l’Offertorio.
Composto nel 1835, il Requiem per Bellini  avrebbe dovuto costituire l’omaggio della città di Napoli a Vincenzo Bellini, morto nel mese di settembre del 1835, ma gli impegni con La Scala per Maria Stuarda e con La Fenice per il Belisario non consentirono a Donizetti di completarlo nonostante avesse già scritto la maggiore parte dei brani dell’Ordinarium e del Proprium (Introito, Kyrie, Graduale, Antifona, Dies irae, Offertorio, Lux Aeterna, Libera me). La Messa, mancante del Sanctus, del Benedictus e dell’Agnus Dei, si impone già nell’Introito per il suo carattere austero e maestoso, ma anche per un sentimento commosso e implorante. Il dramma dell’uomo di fronte al mistero della morte emerge con forza nel Dies irae, che, aperto da un accordo di do minore, si segnala per gli interventi dei solisti; qui trovano la loro più alta espressione sentimenti contrastanti come il peso del peccato, ma anche l’anelito al perdono.

Eseguita per la prima volta nella Chiesa di Santa Maria La Nova di Napoli il 27 novembre 1837, le Messa di Gloria e Credo in do minore, non è, invece, un’opera della maturità essendo costituita da brani composti intorno al 1820, quando Donizetti, ritornato a Bergamo, dopo aver studiato a Bologna con Stanislao Mattei dal 1815 al 1818, iniziò una proficua collaborazione con Mayr. Al 1820 risalirebbe la composizione del Credo di questa Messa, che, secondo quanto testimoniato dal genero di Mayr, Luigi Massinelli sarebbe stato rielaborato nel 1824 da Donizetti in occasione della festa di Santa Cecilia a Bergamo. Dello stesso periodo sono le altre parti della Messa, come si evince dal catalogo, curato dal Pieralberto Cattaneo che per alcune di esse fornisce delle date certe: Kyrie (20 maggio 1820), Gloria in excelsis (28 maggio 1818), Laudamus e Gratias (3 luglio 1819), Domine Deus (1820), Qui sedes e Quoniam (3 luglio 1820), Qui tollis (1820-21) e Cum Sancto Spirito (1816-1818). All’interno della Messa va segnalato lo splendido assolo del violino nel Qui sedes che, però, non è stato composto da Donizetti, ma da Pietro Rovelli. Grande virtuoso del violino, Pietro Rovelli, dopo aver studiato con Rudolph Kreutzer ed essere stato il primo violino alla Hofkapelle di Monaco, si stabilì a Bergamo dove divenne docente di violino presso le «Lezioni Caritatevoli di Musica». Anche questa Messa non è completa dal momento che mancano il Sanctus, il Benedictus e l’Agnus Dei.

Appartiene interamente alla maturità il Miserere, composto nel 1837 per quattro solisti (2 tenori e 2 bassi), coro maschile, violoncelli, contrabbassi e organo. Se non suscita meraviglia l’organico vocale, dal momento che questa composizione era destinata alla Cappella Sistina, sorprende, invece, quello strumentale che comunque esalta il carattere meditativo della pagina. Questo lavoro, che nel 1841 sarebbe stato donato da Domizetti al Papa Gregorio XVI, il quale ricambiò l’omaggio del compositore conferendogli le insegne del cavalierato di S. Silvestro, fu rielaborato in seguito con l’aggiunta delle voci femminili per essere ragalato all’Imperatore d’Austria, perdendo, però, il suo fascino originario. Il carattere liturgico della pagina, aliena totalmente da tentazioni operistiche, è evidente nella sua struttura di carattere responsoriale con i versetti pari del Salmo che sono stati mantenuti nella versione romana da Donizetti nella pura originaria forma gregoriana, ma che saranno armonizzati in quella successiva per Vienna. In questa pagina di carattere meditativo domina la speranza del credente nella misericordia divina che lava l’uomo dal suo peccato.